Verwendet werden das während der Blüte gesammelte, getrocknete Kraut (Hyssopi herba) und das aus der Pflanze gewonnene ätherische Öl.

Traditionelle Anwendung:
In der Volksheilkunde wird das Kraut bei Halsentzündungen, Heiserkeit und zur Bereitung von Gurgelwasser verwendet. Innerlich appliziert wird die Droge bei Bronchitis, Husten, Asthma und Nasenkatarrhen eingesetzt. Auch zur Behandlung von Kreislaufschwäche, Darmerkrankungen, Menstruationsbeschwerden, Herzbeschwerden und Augenschmerzen soll die Droge dienen. Im Hauhalt wird Ysop als Gewürz zu Salaten, Suppen, Fleischspeisen und für Liköre bzw. als Geschmackskorrigens verwendet.
Ysopöl dient als Zusatz zu Badeölen bzw. in der Kosmetik und Parfümerie. Die Droge dient auch zur Herstellung von Gewürzessenzen und Likören (Benediktiner, Chartreuse).

Anerkannte Medizinische Anwendung:
Keine wissenschaftlich belegten Indikationen.
Erfahrungsmedizin: Anregung der Verdauung u. a.
Unerwünschte Wirkungen: Die Einnahme von 10-30 Tropfen Ysopöl durch Erwachsene sowie 2-3 Tropfen über mehrere Tage durch ein 6jähriges Kind führte in allen Fällen zu klonischen bzw. klonisch-tonischen Krämpfen.

Bereitung eines Teeaufgusses (traditionell):
Getrocknetes Kraut mit kochendem Wasser überbrühen, ca. 15 Min. ziehen lassen und abseihen.