Verwendet werden die während der Blüte geernteten krautigen Teile (Rutae herba) und das durch Wasserdampfdestillation daraus gewonnene Öl.

Traditionelle Anwendung:
Das Rautenkraut wurde volkstümlich bei Entzündungen, insbes. der Haut sowie des Mund- und Rachenraumes, ferner bei Dyspepsien, Leber- und Galleleiden, bei Menstruationsbeschwerden und mißbräuchlich als Abortivum genutzt. Infolge verschiedener unerwünschter Wirkungen, z.B. Reizwirkung auf Haut- und Schleimhäute, die teilweise auch im Zusammenhang mit der Phototoxizität der Furochinoline und Furanocumarine stehen, ist die therapeutische Anwendung der Droge nicht zu empfehlen.
Rautenöl wurde früher volkstümlich bei Krämpfen und Menstruationsbeschwerden sowie mißbräuchlich als Abortivum verwendet.

Homöopathie:
Ruta graveolens HAB 1; Gartenraute, die frischen, zu Beginn der Blüte gesammelten, oberirdischen Pflanzenteile.
Anwendungsgebiet: Quetschungen, Prellungen, körperliche Überanstrengung, Krampf­aderleiden, Rheumatismus vor allem der Wirbelsäule.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
keine

Bereitung eines Teeaufgusses (traditionell):
1 Tl getrocknetes Kraut mit kochendem Wasser auf eine Tasse aufbrühen. Vorsicht: Giftig bei zu hoher Dosierung!