Verwendet werden die reifen Beerenzapfen (Juniperi pseudofructus) mit ihrem typischen Wacholdergeruch und das daraus extrahierte ätherische Öl. Volkstümlich wurde auch das Wacholderholz verwendet.

Traditionelle Anwendung:
Wacholderbeeren finden sich in Teemischungen, die bei dyspeptischen Beschwerden genutzt werden. Infolge Reizung des Nierenepithels ist die frühere Anwendung als Diuretikum nicht mehr vertretbar, da eine Nierenschädigung bei längerem Gebrauch nicht ausgeschlossen werden kann. Geg.: bei Nierenentzündungen sowie in der Schwangerschaft sind Wacholderzubereitungen zu vermeiden.
Wacholderöl ist Bestandteil einiger Fertigarzneimittel, meist in Kapselform, die bei dyspeptischen Beschwerden und als mildes Diuretikum genutzt werden. Äußerlich als Badezusatz oder in Einreibungen zur Hyperämisierung bei Erkrankungen des rheumatischen Formenkreises.
Getrocknetes Wacholderholz wird in der Volksheilkunde bei unzureichender Harnausscheidung, ferner als schweißtreibendes Mittel verwendet.

Homöopathie:
1. Juniperus communis HAB1; Wachholder, die frischen, reifen Samenzapfen.
Anwendungsgebiet: Erkrankungen des Magen-Darm-Traktes sowie der Nieren und ableitenden Harnwege.
2. Juniperus communis fructibus siccatis; die reifen, getrockneten Beerenzapfen.
Anwendungsgebiet: anthroposophische Therapierichtung.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
ESCOP (European Scientific Cooperative on Phytotherapy): Zur Verbesserung der renalen Wasserausscheidung und bei dyspeptischen Beschwerden inklusive Appetitlosigkeit.
Wissenschaftlich belegte Indikationen für Wacholderbeeren: Durchspülungstherapie bei bakteriellen und entzündlichen Erkrankungen der ableitenden Harnwege.
Unerwünschte Wirkungen: Bei langdauernder Anwendung oder bei Überdosierung könnten Nierenschäden auftreten. Wacholderbeeröl wird jedoch heute als toxikologisch unbedenklich eingestuft.
Erfahrungsmedizin für Wacholderholz: Unzureichende Harnausscheidung.
Unerwünschte Wirkungen: Bei intensivem Kontakt mit Wacholderholz können die darin enthaltenen Tropolone Atembeschwerden und Dermatitis auslösen.

Bereitung eines Teeaufgusses:
2 g frisch gequetschte Wacholderbeeren werden mit 150 mL kochendem Wasser übergossen und nach 10 Min. abgeseiht.
2- bis 3-mal täglich eine Tasse Wacholderbeertee trinken; mittlere Tagesdosis: 4 bis 6 g Droge.