Die Droge wird in Form von Extrakten innerlich als Stomachikum (Amarum aromaticum) bei Appetitlosigkeit, Verdauungsbeschwerden, Flatulenz, aber auch bei rheumatischen Erkrankungen sowie bei Husten eingesetzt. Da die langzeitliche Anwendung von Kalmusöl im Tierversuch Tumore induzieren kann, gilt β-Asaron als carcinogen und chromosomenschädigend. Nur Drogen mit einem β-Asaron-Gehalt von <0,5 % dürfen zum Einsatz kommen. Der Dauergebrauch der Droge ist nicht zu empfehlen, das gilt auch für Magenliköre, die Kalmusextrakte enthalten.
Äußerlich angewendet dient Kalmuswurzelstock als Badedroge zur Hautreiztherapie bei Arthritis und Neuralgien sowie zur Verbesserung der Durchblutung. Die Kri-Indianer im Nordwesten Kanadas kauen den Wurzelstock um halluzinogene, LSD-ähnliche Rauschzustände zu erzeugen.
Kalmusöl wird zur Mundhygiene Mund- und Gurgelwässern zugesetzt. In der Likörindustrie wird die Droge zur Aromatisierung und als Stomachikum verwendet.

Traditionelle Anwendung:
Die Kalmuswurzel wirkt schmerzlindernd, beruhigend und krampflösend und regt die Magensaftsekretion an.

Homöopathie:
Acorus calamus HAB1
Anwendungsgebiet: bei Magen-Darm-Erkrankungen.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
Wissenschafltich belegte Indikationen: Innerlich: als Stomachikum, Karminativum, bei dyspeptischen Beschwerden funktioneller Natur.
Äußerlich: als Hautreizmittel und als Zusatz zu Mund- und Gurgelwässern.
Unerwünschte Wirkungen: Chronische Toxizitätsprüfungen an der Ratte mit beta-Asaron-reichem Kalmusöl führten nach einer Applikationsdauer von ca. 60 Wochen zu Tumoren im Zwölffingerdarmbereich. Bisher konnten beim Menschen keine von Kalmus ausgehenden kanzerogenen Effekte beobachtet werden. Die therapeutische Verwendung beta-Asaron-armer Kalmuswurzeln erscheint daher vertretbar, von einem Dauergebrauch sollte jedoch abgeraten werden.

Bereitung eines Teeaufgusses (traditionell):
10 - 15 g getrocknete zerkleinerte Kalmuswurzel mit einem halben Liter Wasser aufbrühen, ca. 15 Min. ziehen lassen und abseihen. Nach jeder Mahlzeit ein Likörglas trinken.