Verwendet werden die getrockneten blühenden Triebspitzen mit Blüten, Blättern und Stängeln (Hyperici herba).

Traditionelle Anwendung:
Das als Oleum Hyperici (Johanniskrautöl, Rotöl) bereitete Mazerat aus zerquetschten Johanniskrautblüten und Öl wird äußerlich als Wundheilmittel zur Behandlung und Nachbehandlung von Verletzungen, Myalgien und Verbrennungen ersten Grades genutzt. In der Volksheilkunde kommt es auch bei rheumatischen Beschwerden und Hexenschuß zum Einsatz.
Johanniskraut ist Bestandteil in zahlreichen Arzneifertigpräparaten, aber auch eine Teedroge bei depressiven Verstimmungen, psychovegetativen Störungen und nervöser Unruhe.

Homöopathie:
1. Hypericum perforatum HAB1; Johanniskraut, die ganze, frische, blühende Pflanze.
Anwendungsgebiet: Erkrankungen des zentralen und peripheren Nervensystems, des Herzens, des Kreislaufs, der unteren Atemwege sowie bei Verletzungen.
2. Hypericum perforatum Rh HAB1, die frischen, oberirdischen Teile blühender Pflanzen.
Anwendungsgebiet: anthroposophische Therapierichtung.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
HMPC (Herbal Medicinal Product Committee): für die Behandlung leichter und mittelschwerer Depressionen (entsprechend ICD-10) und zur kurzzeitigen Behandlung depressiver Störungen medizinisch allgemein anerkannt („well-established medicinal use“)
ESCOP (European Scientific Cooperative on Phytotherapy ): leichte depressive Störungen oder leichte bis mittelschwere depressive Episoden entsprechend ICD-10.

Wissenschaftlich belegte Indikationen: Ölige Zubereitung: dyspeptische Beschwerden; äußerlich zur Behandlung und Nachbehandlung von scharfen und stumpfen Verletzungen, Myalgien und Verbrennungen ersten Grades.
Unerwünschte Wirkungen: Genotoxische Wirkung: Diese wird auf das Vorkommen von Quercetin zurückgeführt. Allerdings ist der Gehalt an Quercetin im Hypericumextrakt (0,35 mg Quercetin pro Gramm Extrakt) so gering, daß selbst bei täglicher Aufnahme von Quercetin im Rahmen der Therapie die Tagesdosis nur bei 1 mg Quercetin liegt. Diese Menge dürfte durch die tägliche Zufuhr von Quercetin mit der Nahrung um ein Vielfaches überschritten werden. Es konnten zwar Photosensibilisierungen, die auf Hypericine zurückzuführen sind, in der therapeutischen Anwendung von Johanniskrautpräparaten bisher noch in keinem Fall mit Sicherheit nachgewiesen werden, dennoch sollten Höhensonne oder Solarium während einer Therapie besonders von hellhäutigen Personen vermieden werden.

Bereitung eines Teeaufgusses:
2 bis 4 g fein geschnittenes Johanniskraut wird mit 150 mL siedendem Wasser versetzt übergossen und nach 5 bis 10 Min. abgeseiht.
Mit einer Teezubereitung von Johanniskraut wird die wirksame Dosis zur Behandlung von Depressionen nicht erreicht, deshalb ist bei diesem Anwendungsgebiet vom Trinken eines Johanniskrauttees abzuraten und Fertigpräparaten mit einem definierten Wirkstoffgehalt (quantifizierter Extrakt) den Vorzug zu geben.
Bei den Anwendungsgebieten der „traditionellen Anwendung“ kann auch Johanniskrauttee getrunken werden. Einzeldosis 2 bis 4 g Johanniskraut, Tagesdosis: 6 bis 12 g.