Verwendet werden die getrockneten Blütenknospen (Caryophylli flos - Gewürznelken), allerdings hauptsächlich als Gewürz („Gewürznelken“), mit ihrem typischen Geruch, der beim Zerreiben deutlich wahrzunehmen ist. Er wird durch ein ätherisches Öl („Nelkenöl“) verursacht, das in großen Ölbehältern im Blütenknospengewebe liegt. Arzneilich genutzt wird ausschließlich das ätherische Öl (Caryophylli floris aetheroleum - Nelkenöl).

Traditionelle Anwendung:
Gewürznelken dienen zur Gewinnung von Caryophylli aetheroleum; in der Volksheilkunde bei Mundgeruch, Dyspepsien, Flatulenz, Schnupfen und Kopfschmerzen. Im Haushalt dienen Gewürznelken zum Aromatisieren von Lebkuchen, Obstspeisen, Wildgerichten, Wurstwaren sowie Kräuter- und Bitterlikören.
Nelkenöl wirkt bei entzündlichen Veränderungen der Mund- und Rachenschleimhaut, in der Zahnheilkunde zur lokalen Schmerzstillung. In der Volksheilkunde wird die Droge innerlich gegen Brechreiz und Blähungen eingesetzt, äußerlich kommt sie bei rheumatischen Beschwerden, Myalgien und bei Bandscheibenbeschwerden zum Einsatz. In der Galenik wird Nelkenöl zur Bereitung von Zinkoxidpasten für die Stomatologie verarbeitet, auch als Mückenvertreibungsmittel wird die Droge eingesetzt. Darüber hinaus wird die Droge in der Kosmetik und Nahrungsmittelindustrie verwendet.

Homöopathie:
Syzygium aromaticum (syn. Caryophyllus) HAB 1; Nelke, die getrockneten Blütenknospen.
Anwendungsgebiet: Diabetes mellitus.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
ESCOP (European Scientific Cooperative on Phytotherapy ): kurzzeitig als lokales Anaesthetikum in der Zahnheilkunde; als desinfizierendes Mundspülmittel, bei chronischen Analfissuren.

Erfahrungsmedizin: Als Karminativum, Stomachikum und Tonikum.
Unerwünschte Wirkungen: In konzentrierter Form wirkt Nelkenöl gewebereizend.