Verwendet werden die unterirdischen Organe bestehend aus Rhizom (Wurzelstock) und Wurzeln (Gentianae Radix - Enzianwurzel).

Traditionelle Anwendung:
Die Enzianwurzel findet Anwendung bei Magenbeschwerden infolge geringer Magensaftproduktion, zur Appetitanregung, Verdauungsbeschwerden, Völlegefühl, Blähungen. In der Volksheilkunde wird die Droge v.a. bei Magen-Darm-Beschwerden verwendet, aber auch als Bestandteil von Tonika (z.B. im Schwedenbitter) und Magentees. Die Wirksamkeit gegen Fieber konnte nicht nachgewiesen werden. Besonders in den Alpen und im Jura wird die Droge zur Herstellung von Enzian-Branntwein (Enzler) verwendet. Dabei werden die Zucker der frisch geernteten Wurzel vergoren, der Branntwein wird als Destillat gewonnen. Die Bitterstoffe spielen dabei keine Rolle, da sie nicht ins Destillat übergehen. Aperitif-Getränke (Alpenbitter) enthalten Drogen-Extrakte, meist im Gemisch mit anderen Bitterstoffdrogen.

Homöopathie:
Gentiana lutea HAB1, die frischen, unterirdischen Teile.
Anwendungsgebiet: Verdauungsstörungen.

Anerkannte Medizinische Anwendung:
ESCOP (European Scientific Cooperative on Phytotherapy ): gegen Appetitlosigkeit, z. B. nach Krankheit, sowie bei Verdauungsbeschwerden (dyspeptische Beschwerden).

Wissenschaftlich belegte Indikationen: In Kombination mit Eisenkraut, Primelblüte, Sauerampferkraut und Holunderblüte bei akuten und chronischen Entzündungen der Nasennebenhöhlen und der Atemwege.
Keine unerwünschten Wirkungen bekannt.

Bereitung eines Teeaufgusses:
1 bis 2 g fein geschnittene oder grob pulverisierte Enzianwurzel mit 150 mL siedendem Wasser übergießen und nach 5 Min. abseihen.
3- bis 4-mal täglich eine Tasse warmen Enziantee trinken; auch kombiniert mit anderen Drogen wie z.B. Wermutkraut, Schafgarbenkraut oder Tausendgüldenkraut (Magentees). Zur Appetitanregung soll der Tee jeweils eine halbe Stunde vor den Mahlzeiten, bei Verdauungsbeschwerden nach den Mahlzeiten getrunken werden. Tagesdosis: 2 bis 4 g Droge.